Vi rút đã giúp tổ tiên chúng ta sống sót và tồn tại đến lúc này

Nhờ ngành di truyền học phân tử virus giờ đây chúng ta biết khá nhiều về những tác nhân nhiễm trùng trên con đường tiến hóa của nhân loại, và phát hiện ra rằng những kẻ quá giang “không mời mà đến” này cũng đã làm được khá nhiều việc để giúp chúng ta trên con đường đó.

Ví dụ, áp lực tiến hóa mà chúng đặt lên hệ thống miễn dịch của con người đã làm cho nó trở nên mạnh mẽ như hiện nay. Ngoài ra vi rút có thể đã đóng một vai trò giúp tế bào “từ bỏ” một số thụ thể đặc hiệu trên bề mặt mà tác nhân gây bệnh có thể bám vào và gây bệnh. Bằng cách “giải thoát” con người khỏi một số nguồn bệnh, vi rút tạo ra một môi trường an toàn hơn cho chính chúng, và mang lại lợi ích tất cả các bên liên quan.

Vi rút cũng có thể đóng một vai trò trong việc đảm bảo vị trí đứng đầu nấc thang tiến hóa của Homo sapiens trong số nhiều loài vượn người đang cạnh tranh khi đó. Trong khi giống loài của chúng ta phát triển các bệnh và ký sinh trùng khuyến khích sự đa dạng di truyền và loại bỏ những thứ không thích hợp. Khi những người Homo sapiens đầu tiên rời bỏ lục địa châu Phi, họ đã mang theo những bệnh truyền nhiễm và ký sinh trùng Nếu đã đọc về bệnh đậu mùa ở Bắc Mỹ và châu Âu thì chắc bạn đã biết điều này diễn ra như thế nào.

Tuy không phải là yếu tố duy nhất, những vi rút ký sinh đã lây lan sang những loài vượn người khác như Homo neanderthalensis (người Nêanđectan), những kẻ trước đó chưa từng tiếp xúc trước với những tác nhân gây bệnh mới và có cấu trúc mũi kém hiệu quả trong việc lọc không khí và ngăn vi rút.

Có lẽ vi rút cũng đã xóa sổ những loài vượn người khác, vì chúng đã được làm quen với điều kiện sống trong môi trường tương tự, trong khi vượn người thì không. Mô hình đã chỉ ra rằng nếu người Neanderthal có tỷ lệ tử vong chỉ cao hơn 2% so với người hiện đại, nó đã đủ để gây ra sự tuyệt chủng sau 1.000 năm cạnh tranh. Tuy bệnh không phải là yếu tố duy nhất, song chắc chắn nó có vai trò lớn.

Hầu hết các mô hình tiến hóa bệnh của người đều cho thấy chúng chủ yếu phát triển trong thời kỳ đồ đá mới, sau khi loài người di cư khỏi châu Phi và dân số tăng lên, do đó có bằng chứng về áp lực chọn lọc vi rút . Nhiều vi rút thành công đến nỗi các gen của chúng đã trở thành một phần ADN của chúng ta.

Ví dụ , bộ gen của con người được thấy có chứa gen từ virus borna từ khoảng 40 triệu năm trước . Trong thực tế , các nhà khoa học đã phân lập được khoảng 100.000 yếu tố của ADN con người đến từ vi rút, chủ yếu nằm trong cái được gọi là "ADN rác ". Các virus tạo nên phần lớn “ADN rác” của chúng ta được gọi là Retrovirus nội sinh , và chúng có nhiều  trong chúng ta đến mức  gần đây một nhà khoa học thậm chí đã “hồi sinh” chúng và gây nhiễm cho chuột và mèo.